Деревня расположена на берегу озера Богдаринское (пойма Клязьмы) в 12км на югозапад от райцентра города Петушки
Рядом с деревней расположено несколько археологических памятников.
Стоянка № 1. Неолит, льяловская культура. 200 метров к северо-востоку от деревни, на южном берегу озера Ростовец. Стоянка № 2. Неолит, льяловская культура. 200 метров к северу от деревни на берегу реки Клязьма, южный берег озера Ростовец. Поселение № 1. Неолит, предположительно поздняковской культуры эпоха бронзы. 1 километр к востоку от деревни. Поселение № 2 (Лопачи 2). Неолит, эпоха бронзы. 1,2 километра к востоку от деревни. Поселение № 3 (Лопачи 1). Неолит, эпоха бронзы, XII—XIII века. Около 1 километра к северо-востоку от деревни у станции мерзлотоведения МГУ. В нижних горизонтах культурного слоя находки предположительно льяловской и рязанской неолитической культуры, поздняковской культуры. В верхних горизонтах — обломки древнерусской керамики. Поселение № 4. Эпоха бронзы. Около 1,5 км к северо-востоку от деревни. Культурный слой мощностью около 2 метров. В нижних горизонтах кремниевые орудия, выше ранние этапы дьяковской культуры. По мнению археолога В. В. Сидорова здесь располагалось городище.
Крестьяне деревни Богдарня упоминаются в качестве понятых в спорном деле 1689 года о земле Багаевского притча.
В конце XIX — начале XX века деревня входила в состав Покров-Слободской волости Покровского уезда, с 1921 года — в составе Покровской волости Орехово-Зуевского уезда Московской губернии. В 1859 году в деревне числилось 50 дворов, в 1905 году — 68 дворов, в 1926 году — 92 дворов.
С 1929 года деревня входила в состав Борокского сельсовета Петушинского района Московской области, с 1939 года — в составе Крутовского сельсовета, с 1944 года — в составе Владимирской области, с 1945 года — в составе Покровского района, с 1960 года в составе Петушинского района, с 2005 года — в составе Петушинского сельского поселения.