Деревня Гнездино расположена на Киржачской зандровой равнине (абсолютные высоты 140—150 метров над уровнем моря) Киржачская зандровая равнина отличается слабоволнистым рельефом поверхности значительной заболоченностью Долины рек извилистые склоны умеренные местами крутые слабо расчлененные неглубокими оврагами и долинами притоков
Входила в Аргуновскую волость С 1708 года деревня входила во Владимирскую провинцию в составе Московской губернии В 1778 году создано самостоятельное Владимирское наместничество В 1796 году наместничество преобразовано во Владимирскую губернию разделенную на 10 уездов
В 1881 году вместе с деревнями Килекшино и Островищи отошла в ПокровСлободскую волость Покровского уезда (1 участок в 1895 году земского начальника отставного штабсротмистра Алексея Николаевича Кустаревского) При этом деревня осталась в приходе Никольской церкви
С 14 августа 1944 года входит в состав Владимирской области Покровский уезд ликвидирован по постановлению ВЦИК 5 января 1921 года Образован ОреховоЗуевский уезд Московской губернии куда вошли 11 волостей Покровского уезда включая Аргуновскую Остальные 11 волостей включены в Александровский уезд 13 июня 1921 года вновь образован Киржачский уезд куда вошли Аргуновская и Овчининская волости из ОреховоЗуевского уезда Постановлением ВЦИК от 8 мая 1924 года ликвидирован Киржачский уезд и Кольчугинский район а также Киржачская и Финеевская волости Они переданы в Александровский уезд Владимирской губернии Аргуновская волость расформирована и навсегда прекратила своё существование Её деревни вошли в Овчининскую волость Александровского уезда Владимирской губернии
С 1939 года деревня Гнездино входила в ОреховоЗуевский район С 14 августа 1944 года входит в состав Владимирской области До 1950 года в административных границах Киржачского сельсовета С 1950 года включена в административные границы Лачужского сельсовета С 1966 года деревня относилась к Санинскому сельсовету
В середине XII — начале XIII веков территория принадлежала Ростово-Суздальскому княжеству. Существовала ли деревня в это время, неизвестно.
Согласно писцовой книге 1628—1631 годов деревня Гнездино (Гнездыня) числилась за князем Михаилом Петровичем Пронским.
Деревня относилась к приходу Никольской церкви в селе Аргуново (в настоящее время села не существует).
По исповедальным ведомостям Никольской церкви 1770 года в деревне было 4 крестьянских двора. По исповедальным ведомостям 1830 года — 7 дворов, 20 жителей мужского пола, 30 женского, деревня принадлежит Ильину Ф. И.
По Генеральному межеванию 1775—1776 гг. при Гнездино было 65 десятин 2005 квадратные сажени пашни, 16 десятин 1425 кв. с. сенокосов, 142 десятины 2298 кв. с. дровяного леса, 9 десятин 1776 кв. с. болот и прудков, 3 десятины 2284 кв. с. под усадьбами и огородами, 1 десятина 2250 кв. с. под дорогами, всего земли: 241 десятин 38 кв. с.
В 1835 году деревня по прежнему принадлежит Ильину Ф. И. Позже, Ильиной Наталье Семёновне.
В 1850 году в деревне проживает 21 крестьянин мужского пола.
В 1852 году по духовному завещанию матери переходит во владение Ильиной Елизавете Филипповне.
В 1854 году — 5 дворов, 15 жителей мужского пола, 28 женского. Деревня принадлежит Ильиной Е. Ф.
В 1857 году — 7 дворов, 19 жителей мужского пола, 29 женского
В 1859 году в деревне 6 дворов, проживает 19 жителей мужского пола, 28 женского.
В 1860 году деревня по прежнему принадлежит Ильиной Е. Ф. Проживает 21 житель мужского пола
Согласно клировым ведомостям 1876 года деревня по прежнему принадлежит Ильиной, насчитывает 4 двора, крестьян мужского пола — 23, женского — 22.
Согласно клировым ведомостям 1885 года в деревне 4 двора, крестьян мужского пола — 20, женского — 19.
По данным опубликованным в 1895 году в деревне 43 житель (21 мужского пола, 22 женского), из них отхожим промыслом заняты 10 мужчин (плотники и фабричные в Москве, Орехово и Зуево). Кустарных промыслов нет.
В 1896 году в деревне 11 дворов, 43 жителя.
По данным опубликованным в 1905 году в деревне 14 дворов, 44 жителя.
По данным Всероссийской переписи населения 2010 года в деревне прописан 1 человек.
Севернее Гнездино в 1950-х — 1990-х годах проходила одна из веток узкоколейной железной дороги Электрогорского торфопредприятия: Электрогорск — Ляпино — Желудево. Линия к Желудево разобрана в 1993 году, но в 90-м ещё было движение как минимум до участка Ляпино.
По данным на 1908 год в деревне проживает 7 плотников; размотчиц хлопчато-бумажных нитей — 13 лиц.
По данным книги Н. В. Большаковой, Помещики Аргуновской волости Покровского уезда Владимирской губернии: