Деревня Килекшино расположена на Киржачской зандровой равнине (абсолютные высоты 140—150 метров над уровнем моря) Киржачская зандровая равнина отличается слабоволнистым рельефом поверхности значительной заболоченностью Долины рек извилистые склоны умеренные местами крутые слабо расчлененные неглубокими оврагами и долинами притоков
Входила в Аргуновскую волость С 1708 года деревня входила во Владимирскую провинцию в составе Московской губернии В 1778 году создано самостоятельное Владимирское наместничество В 1796 году наместничество преобразовано во Владимирскую губернию разделенную на 10 уездов
В 1881 году вместе с деревнями Островищи и Гнездино отошла в ПокровСлободскую волость Покровского уезда (1 участок в 1895 году земского начальника отставного штабсротмистра Алексея Николаевича Кустаревского) При этом деревня осталась в приходе Никольской церкви
С 14 августа 1944 года входит в состав Владимирской области Покровский уезд ликвидирован по постановлению ВЦИК 5 января 1921 года Образован ОреховоЗуевский уезд Московской губернии куда вошли 11 волостей Покровского уезда включая Аргуновскую Остальные 11 волостей включены в Александровский уезд 13 июня 1921 года вновь образован Киржачский уезд куда вошли Аргуновская и Овчининская волости из ОреховоЗуевского уезда Постановлением ВЦИК от 8 мая 1924 года ликвидирован Киржачский уезд и Кольчугинский район а также Киржачская и Финеевская волости Они переданы в Александровский уезд Владимирской губернии Аргуновская волость расформирована и навсегда прекратила своё существование Её деревни вошли в Овчининскую волость Александровского уезда Владимирской губернии
С 1939 года деревня Килекшино входила в ОреховоЗуевский район С 14 августа 1944 года входит в состав Владимирской области До 1950 года в административных границах Киржачского сельсовета С 1950 года включена в административные границы Лачужского сельсовета С 1966 года деревня относилась к Санинскому сельсовету
Вблизи от деревни располагается Государственный природный заказник областного значения Лачужские озера и прилегающие лесные кварталы
В середине XII — начале XIII веков территория принадлежала Ростово-Суздальскому княжеству. Существовала ли деревня в это время, неизвестно.
В конце XIX века деревня относилась к приходу Никольской церкви в селе Аргуново (в настоящее время села не существует).
В 1857 году — 14 дворов, 55 жителей мужского пола, 69 женского
В 1859 году — 18 дворов, 116 жителей (56 человек мужского пола, 60 женского).
В 1896 году — 28 дворов, 157 жителей
Севернее Килекшино в 1950-х — 1990-х годах проходила ветка узкоколейной железной дороги Электрогорского торфопредприятия: Электрогорск — Ляпино — Желудево. Линия к Желудево разобрана в 1993 году, но в 90-м ещё было движение как минимум до участка Ляпино.
По данным книги Н. В. Большаковой, Помещики Аргуновской волости Покровского уезда Владимирской губернии: