Деревня расположена на берегу реки Большая Липня в 4 км на запад от центра поселения деревни Пекша и в 11 км на восток от райцентра города Петушки на автодороге М7 «Волга»
Первое упоминание деревни Липна имеется в переписных книгах 1705 года в составе Абакумовского прихода, в ней числилось 55 крестьянских дворов и 165 душ. В деревне Липне с 1875 года имелась земская школа, учащихся в 1896 году было 34.
В списке населённых мест Владимирской губернии 1859 года указаны две деревни: Липня (Сафонково) — 360 жит. и Липня (Зиновково) — 291 жит. В списке населённых мест Владимирской губернии 1905 года имелись деревня Липня и деревня Софонково — 380 жит.
В конце XIX — начале XX века деревня Липня (Сафонково) являлась центром Липенской волости Покровского уезда.
С 1929 года деревня являлась центром Липненского сельсовета в составе Петушинского района.
С 1896 года при деревне располагался кирпичный завод Капитолины Ивановны Аксеновой. По данным на 1900 год, на заводе работало 8 рабочих. В год завод производил около 200 000 кирпичей.