Село расположено на берегу речки Кестра (бассейн Клязьмы) близ границы с Ивановской областью в 13 км на северзапад от райцентра города Суздаль
В «Разъезжей грамоте 1521 года» село упоминается как великокняжеская вотчина. Существующая церковь построена в 1793 году тщанием прихожан, зданием каменная, с таковою же колокольнею. Престолов в ней три: в настоящей, холодной – во имя святого Василия Великого и придел – во имя святого пророка Илии, в теплой трапезе – во имя святого благоверного великого князя Александра Невского. В 1896 году в Кистыше числилось 149 дворов, 342 души мужского пола и 411 женского. В начале XVIII века Петр I подарил село за заслуги перед Отечеством Ивану Григорьевичу Суворову — деду будущего генералиссимуса. Долгие годы оно было родовым имением Суворовых.
В конце XIX — начале XX века село входило в состав Яневской волости Суздальского уезда.
С 1929 года село являлось центром Кистышевского сельсовта Суздальского района, с 1965 года — в составе Романовского сельсовета.