Деревня Зеленцино находится в восточной части КлинскоДмитровской гряды переходящей затем ещё восточнее во Владимирское Ополье и южнее— в Мещёрскую низменность Рельеф деревни и её окрестностей— слабовсхолмленная моренная равнина Минеральносырьевые ресурсы этой части КлинскоДмитровской гряды представлены залежами песчаногравийновалунного материала трепела и легкоплавких глин Почвы легко и среднесуглинистые Речная система (река Серая и её приток река Вздериножка) относится к бассейну Оки
Зеленцино находится в месте впадения реки Вздериножки в реку Серую Другие названия Вздериножки— Дериножка Чёрная АнютинаСерая затем впадает в Шерну
Местность, где в настоящее время находится Зеленцино, была населена в каменном веке. На склонах Лысой горы археологи и краеведы находили наконечники каменных стрел и другие предметы жизни людей того времени. На берегах реки Вздериножки были найдены курганы-насыпные могильники и древнерусская керамика домонгольского периода (XI—XIII века). На Лысой горе, название которой, вероятно, дали славяне, находилось капище у священного источника.
В XV веке входило в состав Марининской волости Переяславского уезда.
Точная принадлежность Зеленцина кому бы то ни было в XIV веке не установлена. Соседние земли села Романовского принадлежали князю московскому и великому князю владимирскому Симеону Гордому, затем митрополиту Московскому. Соседние земли в волости Великая Слобода принадлежали Ивану Красному и затем его сыну Дмитрию Донскому и его потомкам. Земли вокруг Зеленцина были причиной раздоров между сыном Василия I и его дядей Юрием и между внуками Дмитрия Донского.
В 1433 году село Зеленцино вместе с деревнями и пустошами было передано князем Александром Владимировичем Лыковым Махрищскому монастырю. После этого село, вероятно, переходило из рук в руки великих князей, пока в 1453 году в межусобной борьбе не победил Василий Тёмный, разделивший земли уничтоженных им двоюродных братьев между своими детьми, матерью и женой.